一入京城，海瑞才深深感受到官场上的“暗流涌动”。事实上，他能够入京，正是因为当时的朝中政局已发生了巨大变化：大权独揽、为害几十年的奸相严嵩已经在押待审，朝内朝外数百名严嵩党羽被停职审查，此时朝中急需一批与严嵩毫无瓜葛的能人才士补充上岗。海瑞也因此得到推荐和提拔。

然而，到任没有多久，海瑞就看到了此时王朝的“千疮百孔”。西北、东南沿海边关危机不断，报至朝廷却无人理睬；黄河两岸、江南水乡水灾旱灾接连而来，民不聊生，朝中却拿不出一两银子。皇帝本人淫乱无度、无心朝政。

可海瑞只是个六品官，根本接触不到皇帝。思来想去，最终海瑞决定以写奏疏的方式向皇帝谏言。他埋头书写，日夜赶工，反复修改，写了将近一个月终于完成，他将这封倾尽心血的奏疏称为《治安疏》，称其为“直言天下第一事”，因此，后世也称其为《直言天下第一事疏》。

嘉靖四十四年，受人迷惑，误以为自己要“成仙”的皇帝心情大喜，终于要上朝面见大臣百官。海瑞也冒死递上《治安疏》，这个奏疏指诉朝政得失，列举了皇帝一系列的不作为，言语之刺耳让为皇帝读奏疏的太师徐阶都要读一句磕一次头。在奏疏里，海瑞倒是也为皇帝鼓劲，一振作而诸废俱兴。为显帝王之胸怀，嘉靖皇帝听完奏疏后听从徐阶之言，并没有赐死海瑞，但依旧令锦衣卫将其关入大牢。随着明世宗驾崩，明穆宗继位，奉先帝世宗遗诏，赦免了以海瑞为代表的所有谏言诸臣。一年之内，海瑞官连升四级。

历史上的“海瑞罢官”说的正是海瑞惩治徐阶之子徐瑛和贪官污吏王明友的故事。徐阶三子徐瑛不善读书，霸道横行，不仅强占土地，还强占了民女赵小兰。赵小兰的母亲到华亭县告状，谁知县令王明友贪污受贿，收了徐瑛的金钱，不仅没有处理徐瑛强抢民女这件事，反而杖责赵小兰的祖父，打死老人。时任南直隶巡抚的海瑞微服出访，得知此事，查明真相。海瑞料到徐阶定会干预，因此赶在徐阶以奸计插手之前，先斩后奏，处死了徐瑛、王明友。这次事件也让海瑞深感朝廷黑暗腐败，愤而挂印辞官，还乡故里。